En 1901, la reine Yamoussou, nièce de Kouassi N'Go, dirigeait le village de N'Gokro au moment de la colonisation française. Le village comptait alors 475 habitants, et on dénombrait aux alentours 129 villages de peuplement Akouè.

Des relations diplomatiques et commerciales s'établissent mais, en 1909, à l'appel du chef du village de Djamalabo, les Akouès se révoltent contre l'administration coloniale française. Le poste de Bonzi, à sept kilomètres de Yamoussoukro sur la route de Bouaflé, est incendié et l'administrateur, Simon Maurice, ne doit la vie qu'à l'intervention de Kouassi N'Go. Celui-ci reçoit l'administrateur chez sa tante Yamoussou, grand-tante de Félix Houphouët-Boigny, par la suite fondateur de la République de Côte d'Ivoire, et persuade ensuite les Akouè de ne pas faire une guerre qui n'aurait pu tourner qu'à un désastre. La situation redevenue normale, l'administrateur Simon Maurice, jugeant que Bonzi était devenu peu sûr, décide de transférer le poste militaire français à N'Gokro, rebaptisé Yamoussoukro en hommage à Yamoussou, où l'administration française construisit par la suite une pyramide à la mémoire de Kouassi N'Go, chef des Akouès.

En 1919, le poste civil de Yamoussoukro fut supprimé, puis Félix Houphouët-Boigny devint chef de village en 1939. Une longue période s'écoula où Yamoussoukro, petite ville tournée vers l'agriculture, resta dans l'ombre, jusqu'à l'après-guerre où elle vit la création du Syndicat Agricole Africain qui donnera naissance ultérieurement au PDCI-RDA, et les premières conférences de son créateur, Félix Houphouët-Boigny, mais c'est seulement à partir de l'indépendance du pays, en 1960, que Yamoussoukro prit son véritable essor.

Dès 1964, le président pouvait montrer des plans ambitieux et faire commencer à construire. En 1965, eut lieu une journée, appelée plus tard la grande leçon de Yamoussoukro, où l'on fit visiter les plantations aux cadres de la nation, aux invités, les conviant à transposer au niveau de leurs propres villages les efforts et réalisations agricoles menées à bien jusqu'ici. Et le 21 juillet 1977, Félix Houphouët-Boigny offrait ses plantations à l'État.

En mars 1983, Yamoussoukro est devenue la capitale politique et administrative de la Côte d'Ivoire, succédant ainsi, en un siècle, à Grand-Bassam (1893-1900), Bingerville (1900-1933) et Abidjan (1933-1983). Outre sa position centrale au sein du territoire de la Côte d'Ivoire, une des justifications données à ce moment-là par le président de la République Félix Houphouët-Boigny, qui en a pris la décision, était que les trois capitales antérieures résultaient d'un choix exclusif du seul colonisateur et que la désignation de Yamoussoukro comme nouvelle capitale.

Autrefois, avant l'indépendance du pays en 1960, la ville était placée sous l'autorité d'un administrateur des colonies, le «commandant de cercle». Placé sous l'autorité du gouverneur, ce fonctionnaire administrait une région du pays, appelée «Cercle», en particulier en appliquant le code de l'indigénat en vigueur dans tout l'Empire colonial français jusqu'à son abrogation en 1945 grâce notamment à l'action du sénégalais Amadou Lamine-Guèye. Le gouverneur était placé sous l'autorité du gouverneur général, lui-même dépendant du Ministre des colonies.

Yamoussoukro est chef-lieu de sous-préfecture et chef-lieu de département. Il s'agit d'une entité administrative à la fois décentralisée et déconcentrée.

La sous-préfecture (circonscription administrative déconcentrée) est administrée pour certaines matières par le sous-préfet, agissant par délégation, pour le préfet. Celui-ci administre quant à lui, le département. Le Préfet, représentant l'État au sein de la circonscription placée sous son autorité, assure la tutelle des collectivités territoriales, en leur apportant assistance et conseil, mais également en procédant à un contrôle tant sur leurs actes que sur leurs organes.
Une loi de 1978 a institué 27 communes de plein exercice sur le territoire du pays. Au nombre de celles-ci figure Yamoussoukro.

La commune, collectivité territoriale, est administrée par un Conseil Municipal présidé par le Maire. Le département, collectivité territoriale également, est administré par un Conseil Général conduit par son président.
La ville est membre de l'Union des villes et communes de Côte d'Ivoire, de l'Union des villes africaines et de l’Association Internationale des Maires Francophones. Outre la ville, la commune de Yamoussoukro comporte 17 villages : Seman, Kpoussoussou, N’dakonankro, Logbakro, Nanan, Akpéssékro, Abouakoussikro, Sahabo, Bossi, Kami, N’gbessou, Bezro, N’gattakro, Aboukro, Kpangbassou, Dougounoukouadiokro, Soubiakro.

Comme dans la plupart des villes et villages africains, une organisation traditionnelle, dite coutumière, coexiste avec celle de l'État. Il existe ainsi traditionnellement un « Conseil des Anciens », dirigé par un « Chef de village »
Les Chefs de village :

• Kouassi N'Go, Chef de Village, 1909-1910
• Gbro Diby, Régent (Dia Houphouët étant trop jeune pour régner), 1910-1932
• Augustin Houphouët, Chef de Village (dû au désistement de Dia Houphouët), 1932-1939
• Félix Houphouët-Boigny, Chef de Village, 1939-1945
• Yao Kouassi Simon, Chef de Village, fils de Kouassi N'Go, en 1978.
• Nana Yablé Kouadja II (Qui assurait également l'intérim de la chefferie du canton Akouè), 2008
• Dr Augustin Thiam, intronisé sous le nom de Nanan Augustin Boigny-N'Dri III, 2011